El 26 de octubre de 1864 nació en Isnotú, una pequeña localidad ubicada en el estado de Trujillo en Venezuela, en la cordillera Andina, en el occidente del país, siendo el primero de seis hermanos, hijo de Benigno María Hernández Manzaneda y Josefa Antonia Cisneros Mansilla, de ascendencia colombiana y española canaria respectivamente. Toda su infancia la vivió en su pueblo natal, pues su padre era dueño de un comercio en la localidad, posición bastante elevada para el momento.
A los trece años de edad, José Gregorio manifestó a su padre su deseo de estudiar la carrera de derecho; sin embargo, su padre le convenció para que estudiara medicina. Para ello tuvo que trasladarse a la ciudad de Caracas para realizar el bachillerato.
El 28 de junio de 1888, Hernández recibe el título de medicina en la Universidad Central de Venezuela; luego de graduarse, el Gobierno de Venezuela le otorga una beca que le permite viajar a Paris con el objetivo de profundizar su conocimiento en áreas más aplicadas de la medicina que, para entonces, no eran bien conocidas en el país.
En noviembre de 1889 ya se encontraba cursando estudios en el laboratorio de histología de Mathias Duval. Durante dichos estudios, José Gregorio profundiza en las áreas de Microbiología, Histología Normal, Patología, Bacteriología y Fisiología experimental, entre otras.
Terminados sus estudios en esa ciudad, solicita permiso y se traslada a Berlín para estudiar histología y anatomía patológica y seguir un nuevo curso de bacteriología.
Culminados sus estudios, Hernández regresa a Venezuela a fin de ingresar como profesor en la Universidad Central de Venezuela en Caracas; además, aprovecha para traer valiosos equipos médicos al Hospital Vargas. A él se debe la introducción del microscopio en Venezuela.
El 29 de junio de 1919, mientras llevaba medicinas a un enfermo necesitado, un automovil puso fin a su vida ejemplar. El pueblo caraqueño, al saber de su muerte, exclamó: "¡HA MUERTO UN SANTO!"
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